Program Doktor Ilmu Syari'ah, hari Selasa tanggal 3 Nopember 2020 menjalani Audit Mutu Internal (AMI) yang pertama kali. Sebagai program studi yang baru dibuka semester genap Tahun Ajaran 2019-2020, Prodi S3 Ilmu Syari'ah sudah dimasukkan sebagai peserta AMI (auditee) tahun 2020 oleh Lembaga Penjaminan Mutu UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Bertindak sebagai auditor adalah Dr. Nur Hidayat, M.Ag, yang juda dosen Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan. Kegiatan AMI Prodi S3 Ilmu Syari'ah ini bertempat di Ruang Rapat Fakultas Syari'ah dan Hukum, Lantai 2, dan dimulai dari jam 09.00 hingga jam 12.00. Materi audit berpedoman pada kriteria akreditasi program studi 9 kriteria.

Dalam pelaksanaan audit tersebut, auditor mengkonfirmasi isian laporan audit yang dikirimkan Prodi ke LPM. Ruang lingkup auditnya meliputi: Visi,misi, tujuan dan strategi, tata pamong, tata kelola dan kerja sama, mahasiswa, sumber daya manusia, keuangan, sarana dan prasarana, standar kompetensi lulusan, standar isi pembelajaran (kurikulum), standar proses pembelajaran, standar penilaian pembelajaran, standar dosen dan tenaga kependidikan, standar sarana dan prasarana pembelajaran, standar pengelolaan pembelajaran, dan standar pembiayaan pembelajaran.Masing masing ruaang lingkup tersebut dikonfirmasi kegiatan yang sudah dilaksanakan dan dokumen bukti adanya kegiatan tersebut.

Setelah melakukan konfirmasi terkait isian data dan kelengkapan dokumen, Auditor menemukan adanya tiga temuan yang perlu diperbaiki dan ditindaklanjuti oleh Prodi. Temua tersebut antara lain: pertama,belum tercapainya prosentase ideal antara jumlah pendaftar Prodi S3 Ilmu Syari'ah dengan yang diterima. Idealnya rasio pendaftar dengan yang diterima sesuai dengan standar akreditasi adalah >5%. Kedua,jumlah mahasiswa asing dalam Prodi, idealnya adalah 1% dari jumlah seluruh mahasiswa, namun di Prodi S3 Ilmu Syari'ah belum ada mahasiswa asing. Ketiga, prosentase peningkatan pendaftar yang seharusnya >30%, namun realitasnya antara semester pertama dengan semester kedua terjadi penurunan angka jumlah pendaftar. Pada semester pertama jumlah pendaftar mencapai 12 orang, sedangkan semester berikutnya menurun hanya 5 orang yang mendaftar di Prodi S3. Hal ini dsebabkan oleh situasi pandemi covid-19, sehingga banyak calon pendaftar yang mengundurkan diri karena persoalan biaya.